Your essay was excellent, but you were marked down for a few grammatical errors.

marked 是动词 mark 的过去分词形式，mark 本意是"打分、评分"，在这里表示"评分"的动作。 marked down 是一个固定短语，由 mark 和副词 down 组成，down 在这里表示"向下、减少"的意思。marked down 合起来表示"扣分、降低分数"。