My usual train was cancelled. That's why I'm so late.

that 在这里作为指示代词，指代前面提到的"火车取消"这件事。 's 是 is 的缩写形式，表示"是"。 why 引导原因状语从句，表示"为什么"。 that's why 是一个固定搭配，意思是"这就是...的原因"，用来解释前面提到的情况导致的结果。