It’s just as well your train was delayed, otherwise you would have missed our call.

it 在这里是形式主语，指代后面"your train was delayed"这个事实。 just 在这里表示"正好、恰好"，强调事情发生的巧合性。 as well 是一个固定搭配，表示"也、同样"，但在这个语境中与just连用形成习语。 just as well 是一个习语，表示"幸好、幸亏"，用来表达某件看似不好的事情实际上带来了好的结果。