I was warm but not uncomfortably so.

uncomfortably 是由形容词 comfortable（舒适的）加上否定前缀 un- 变成 uncomfortable（不舒适的），再加上副词后缀 -ly 构成的副词形式，意思是"不舒服地"。 so 在这里是副词，指代前面提到的"暖和"的程度。