The other two courses, at 5%, are still in line with the national average.

are 是 be 动词的现在时复数形式，表示"是"或"处于某种状态"。 in 是介词，表示"在...中"或"处于某种状态"。 line 本义是"线、线条"，在这里引申为"标准、水平"。 with 是介词，表示"与...一起"或"和...一致"。 in line with 是一个固定短语，意思是"与...一致"或"符合..."。