They travelled across Europe by train.

by 在这里是介词，表示"通过某种方式或手段"。在交通工具前使用 by 表示"乘坐某种交通工具"，如 by train（乘火车）、by bus（乘公交）、by plane（乘飞机）等。这种用法强调交通方式本身，而不是具体的车辆。