A confirmation dialog box comes up whenever you save the file.

comes 是动词 come 的第三人称单数现在时形式，表示"出现、发生"。 up 在这里是副词，与 come 搭配使用，表示"出现、弹出"的意思。 comes up 这个短语组合表示"弹出、出现"，常用于描述对话框或窗口的显示。