The doctor advised her not to skip her follow-up appointments. To do so could jeopardize her recovery.

to do so 中的 to 是不定式符号，用于构成动词不定式。 do 是动词原形，意思是"做、进行"。 so 在这里是代词，指代前文提到的"跳过复诊"这个行为。 to do so 这个短语整体指"这样做"，用来避免重复前文提到的动作。