The negotiations were all but complete when new issues arose.

all 在这里表示"全部、完全"的意思。 but 在这里表示"除了、仅仅"的意思，用于强调某种情况几乎达到某种程度。 all but 是一个固定短语，意思是"几乎、差不多"，表示某事接近完成但还没有完全达到。