A small hole was discovered in the trunk, close to where the roots begin.

trunk 指树木的主干部分，即从地面向上延伸的主要木质部分，支撑着树枝和树叶。在植物学中特指"树干"。 close to where the roots begin 表示"靠近根部开始的位置"，这里指树干的基部区域。