The quality of the individual classes differed substantially.

substantially 是形容词 substantial 的副词形式，由词根 substance（物质、实质）加上形容词后缀 -ial 构成 substantial（实质的、大量的），再加上副词后缀 -ly 构成副词。substantially 表示"实质上、很大程度上"，强调差异的程度很大。