The proposal is not dangerous in itself, yet it could have unintended consequences.

in 在这里表示"在...方面"，用于限定范围。 itself 是反身代词，指代前面提到的"the proposal"（这个提议），表示"它本身"。 in itself 是一个固定短语，意思是"就其本身而言/从本质上说"，用于强调事物本身的特性而不考虑其他因素。