Deep in your heart, you always knew the truth.

in 是介词，表示"在...里面"。 your 是形容词性物主代词，表示"你的"。 heart 是名词，意思是"心脏"，在这里引申为"内心"。 deep in your heart 是一个固定短语，字面意思是"在你内心的深处"，引申为"在你内心深处"的意思。