We had to begin all over again from scratch.

all 的意思是"全部、所有"，在这里表示"完全地"。 over 的意思是"结束、越过"，在这里表示"重新"。 again 的意思是"再次"，表示重复的动作。 all over again 是一个固定短语，意思是"完全重新开始"，强调从零开始、彻底重做。