If this project fails it will affect not only our department, but the whole organization.

not 是副词，表示否定，在这里与 only 搭配使用。 only 是副词，意思是"仅仅、只"，在这里表示限定范围。 not only 是一个固定搭配，表示"不仅"，用于引出第一个被强调的部分，通常与 but also 或 but 搭配使用，表示"不仅...而且..."的结构。