Again this is going to cost the library but it will be able to reap the benefits in the end.

reap 的本义是"收割（庄稼）"，引申为"获得、收获"。 the 是定冠词，在这里特指后面提到的"好处"。 benefits 是名词 benefit 的复数形式，意思是"好处、益处"。 reap the benefits 是一个固定短语，意思是"获得好处/收益"，比喻像收割庄稼一样收获成果。