The company has made changes with respect to employee benefits.

with 在这里表示"伴随"或"涉及"的意思。 respect 本义是"尊敬"，在这里与介词搭配表示"方面"或"关系"。 to 在这里表示方向或关联。 with respect to 是一个固定短语，意思是"关于"或"在...方面"，用于引出讨论的具体事项。