Samuel Clemens, otherwise known by his pen name Mark Twain, was a famous author.

otherwise 在这里是副词，意思是"以其他方式"或"另外"，用于引出另一种说法或名称。在这个句子中表示"塞缪尔·克莱门斯"还有另一个为人所知的称呼方式。