The boss seems to have it in for the new employee without any reason.

have 是动词，表示"拥有、持有"。 it 是代词，在这里指代"敌意、不满"这种抽象概念。 in 是介词，表示"在...方面"或"处于某种状态"。 for 是介词，表示"对...而言"或"针对..."。 have it in for 是一个固定短语，意思是"对某人怀有敌意"或"故意找某人的麻烦"。