If this project fails it will affect not only our department, but also the whole organization.

not 是否定词，表示"不"或"非"的意思。 only 是副词，意思是"仅仅"或"只"。 not only...but also... 是一个固定搭配的连词短语，表示"不仅...而且..."，用于连接两个并列的成分，强调两者都包含在内。