When I woke up and went on the deck, I saw the skipper returning in a small boat.

on 在这里表示"在...之上"的方位关系，指"在甲板上面"。 the 是定冠词，特指船只的"甲板"这个特定部分。 deck 指船只的"甲板"，即船体上方的露天平台区域。 on the deck 这个短语表示"在船的甲板上"，描述人物所处的位置。