The company made changes with respect to employee benefits.

with 在这里表示"伴随、涉及"的意思，常用于表示关联或方式。 respect 本义是"尊敬、尊重"，在这里与介词搭配形成固定短语。 to 是介词，表示方向或关系。 with respect to 是一个固定短语，意思是"关于、就...而言"，用于引出讨论的主题或对象。