Everyone was glad to have all misunderstandings out of the way.

have 在这里是助动词，与过去分词构成完成时态，表示"已经完成"的动作。 out 是副词，表示"离开、消除"的状态。 of 是介词，表示"从...中"的关系。 the 是定冠词，特指某个事物。 way 是名词，意思是"道路、方式"。 have...out of the way 是一个固定短语，字面意思是"把...从路上移开"，引申为"解决、消除"某个问题或障碍。