These microbes are too small to be seen with the naked eye.

the 是定冠词，在这里特指"眼睛"这个具体事物。 naked 的意思是"赤裸的、无遮盖的"，引申为"未经辅助的"。 eye 的意思是"眼睛"。 the naked eye 是一个固定短语，指"不借助任何工具或仪器的肉眼观察"。