Whether we go by train or car is your call.

your 是形容词性物主代词，表示"你的"，用来修饰名词。 call 在这里是名词，意思是"决定、选择权"，常用于表示由某人来做决定的情况。 your call 是一个固定搭配，意思是"由你决定"，表示将决定权交给对方。