Please find my comments in reference to the proposed budget.

in 是介词，表示"在...里面"或"关于"。 reference 是名词，意思是"参考、提及"，来自动词 refer（提及、参考）。 to 是介词，表示方向或关联。 in reference to 是一个固定短语，意思是"关于、就...而言"，用于正式场合表示讨论的主题。