Such a policy would, in effect, punish those who work hard.

in 是介词，表示"在...之内"或"处于某种状态"。 effect 是名词，意思是"效果、影响、结果"。 in effect 是一个固定短语，意思是"实际上、实质上"，表示某事物在现实中产生的效果或影响。