The villain acted cruelly throughout the story.

cruelly 是形容词 cruel（残忍的）加上副词后缀 -ly 构成的副词形式，表示"残忍地、冷酷地"。 cruel 本身来自古法语 cruel，与拉丁语 crudelis（残忍的）同源，基本含义就是"造成他人痛苦的、无情的"。