He's adorable, but he can really be a pain in the neck sometimes.

pain 的意思是"疼痛、痛苦"，在这里用作比喻意义。 in 是介词，表示"在...里面"或"处于某种状态"。 the 是定冠词，特指某个事物。 neck 的意思是"脖子"。 pain in the neck 是一个固定短语，字面意思是"脖子疼"，引申为"令人讨厌的人或事"，相当于中文里的"烦人的"。