How come you're not working today?

how 是疑问词，表示"如何"、"怎么"，用于询问方式或原因。 come 在这里不是"来"的意思，而是与 how 组成固定搭配。 how come 是一个固定表达，相当于 why，但语气更口语化，表示"为什么"、"怎么会"，用于询问原因。