Bacteria are usually too small to be observed with the naked eye.

the 是定冠词，在这里特指"眼睛"这个具体器官。 naked 的意思是"赤裸的、无遮盖的"，引申为"未经辅助的"。 eye 指"眼睛"，是人类视觉器官。 the naked eye 这个短语指"不借助任何工具（如显微镜等）的肉眼观察"。