The team completed the task on time, well almost everyone, that is.

that 在这里用作指示代词，指代前面提到的"几乎所有人"这一情况。 is 是系动词"be"的第三人称单数现在时形式，在这里与that构成固定表达。 that is 是一个固定短语，用于对前面说的话进行解释或修正，相当于"也就是说"或"确切地说"。