The guests all had a great time, except for a few, that is.

that 在这里用作代词，指代前面提到的"a few"（少数几个人）。 is 是系动词be的第三人称单数现在式，在这里与that构成"that is"固定表达。 that is 是一个插入语，意思是"即""确切地说"，用于对前面提到的内容进行更精确的解释或补充说明。