On behalf of the staff, I would like to take issue with the report's inaccuracies.

take 在这里是"采取、进行"的意思，表示采取某种行动。 issue 本意是"问题、议题"，在这里指"争议点、不同意见"。 with 表示"与...相关"或"针对..."。 take issue with 是一个固定短语，意思是"对...提出异议"或"不同意..."，表示对某件事持反对态度并准备争论。