Her understanding of the subject increased little by little over the semester.

little 在这里是名词，表示"少量、一点点"。 by 是介词，表示"通过...方式"或"以...为单位"。 little by little 是一个固定短语，表示"逐渐地、一点一点地"，强调缓慢但持续的过程。